染色 (Staining)
玻片必須經過染色，否則原本無色的細胞材料無法透過光學顯微鏡 (light microscope) 觀察。Mohs 玻片一般以 hematoxylin and eosin (H&E)、toludine blue 染色，偶爾用於常規組織學分析的特殊免疫組織化學染色 (immunohistochemical stains)。H&E 是 MMS 中最常用的組織染色法。此法涉及將組織置入一系列溶液中：alcohol、water、xylene、hematoxylin 與 eosin。在使用 H&E 的高量實驗室中，會將玻片置入自動染色機 (automatic slide stainer) 以縮短處理時間 (Fig. 29-17)。Toluidine blue 藉由將基底細胞癌 (BCC) 周圍的黏多醣 (mucopolysaccharides) 異染性 (metachromatically) 染成鮮亮的粉紅色，凸顯 BCC 的島狀結構。33 玻片染色後，會加蓋玻片 (cover-slipped)。先塗上膠狀介質，再覆上一層薄的玻璃蓋玻片 (cover slip)，以保護組織免於意外被刮除，並使玻片得以保存數年。
若玻片自固定液（通常為 alcohol）中移出太快，將無法適當脫水，導致染色效果不佳。
部分外科醫師也使用免疫組織化學 (immunohistochemistry) 來處理較具挑戰性的腫瘤。這些染色包括用於 SCC 與 Paget’s disease 的 cytokeratins，以及用於隆突性皮膚纖維肉瘤 (dermatofibroma sarcoma protuberans) 的 CD34。34,35 對於黑色素瘤 (melanoma)，冷凍切片判讀可借助 HMB-45、36 MART-1，desmoplastic 亞型可用 S-100、35 因核染色 (nuclear staining) 較佳而用 MITF、37 以及 mel 5。37 整體而言，MART-1 是黑色素瘤最有用的染色。38 試劑成本、缺乏自動染色設備、額外的處理時間，以及額外的技術人員技能與時間，皆減緩了 Mohs 外科醫師廣泛採用免疫染色的進程。39 無論 Mohs 手術中是否使用免疫染色，在較具挑戰性的個案中，皆可取得永久切片 (permanent sections) 以進一步確認邊緣是否乾淨。關於 MMS 之免疫組織化學染色的完整討論，可參見 Chapter 30。
染色過程中，漂浮物 (floater) 可能因染色液受污染而被引入。此種漂浮物會隨機出現（不一定與檢體相連續）。定期更換染色液可將漂浮物的引入降至最低。
圖 29-17：自動化 hematoxylin and eosin 染色裝置，圖中三張玻片正在進行染色。一旦藉由將重新標示的玻片之一壓貼於滾筒板 (roller plate) 上以拾取組織切片，玻片即進行染色。染色順序如上所示。玻片依序經過固定液 (fixatives)、hematoxylin、藍化劑 (bluing agent)、eosin、各種 alcohols、xylene。最後，玻片加蓋玻片 (coverslipped)、與申請單 (requisition) 核對，並交予 Mohs 外科醫師判讀。