切片與玻片固定 (Cutting and slide fixation)
一旦檢體在介質中包埋並冷凍且裝載於載台 (stage) 上，即在切片機 (microtome) 中切片並置於玻片上 (Fig. 29-16)。夾鉗 (clamp) 通常具有球窩關節 (ball-and-socket joint)，可微調檢體相對於刀片的對位，切入塊體前必須確保刀片角度正確。開始旋轉切片機刀片時，須先削去 OCT 的外層，直至切達真正的檢體；此程序常稱為對面 (facing the block)。切達檢體時，可能需要重新對位以製作均勻的玻片。若卡盤上檢體的底面在切割初期未與刀片平行，可能導致切片不完整及隨之而來需切得更深的問題。一旦包埋介質已適當削整，即可將水平的 5- to 10-micron 切片（切片厚度因個人偏好而異）固定於玻片上。過厚的切片因細胞細節 (cellular detail) 可能被遮蔽而難以判讀，惟脂肪組織可能需要較厚的切片；而過薄的切片則可能引入可見的孔洞或撕裂。第一張玻片至為重要，因其代表真正的邊緣 (true margin)，因為組織是隨著每次刀片轉動，自深部邊緣向上朝皮膚表面切取。務必讓技術人員計算轉輪的圈數，並知道每圈所對應的微米數 (microns per turn)，以正確計算組織的深度。平均而言，會製作兩張玻片，每張玻片二至三個切片。多數外科醫師偏好總共看到三至六個切片。32
值得注意的是，在最適合切割大多數其他組織的溫度下，脂肪 (fat) 並不會變得足夠堅實以利切割。因此技術人員可在切割前以冷凍劑 (cryogen) 噴灑含脂肪的包埋檢體以降低其溫度，而非重設 cryostat 的溫度。
幾乎所有皺褶 (wrinkling) 與摺疊 (folding) 的問題都發生在檢體推進通過刀片時，以及拾取薄片 (wafer) 放置於玻片上時；因此技術人員必須確保正確地取回切下的薄片。冷凍組織在放上玻璃玻片前有捲曲的傾向。此種捲曲可藉由使用防捲桿 (antiroll bars)（防止檢體捲出切片平面）或防捲板，及／或駱駝毛刷 (camel hair brushes) 來減輕，這些器具存放於冷凍腔 (cryochamber) 的刷架 (brush shelf) 上。
鈍掉的刀片可能在切割時造成組織撕裂或捲曲，甚至導致組織出現顫紋 (chatter lines)。刀刃上一個顯微鏡下的缺口 (nick) 即可能在組織中造成大片撕裂。因此檢查刀片是否有缺口、磨利永久刀片，並於一天中沿刀片夾持器移動拋棄式刀片，皆相當重要。
若刀片不潔，刀片可能引入漂浮物 (floaters)。這些漂浮物可能出現於多張玻片上，因而難以辨識為漂浮物。
將切片自刀片滑移至玻片時，可能發生額外的錯誤。每放一個切片於玻片後，應先擦去玻璃玻片上多餘的包埋介質，再放置後續切片。若下一個切片疊放於前一切片的包埋介質之上，固定 (fixation) 時可能無法適當黏附，並可能在染色 (staining) 過程中被沖掉。若下一個切片將包埋介質覆蓋於前一切片之上，可能干擾適當染色。為防止此情形，當一張玻片要放置多於一個切片時，常從上方角落開始，將切片沿對角線斜放於玻片上。
過度對面 (excessive facing of block) 會產生偽陰性 (false-negative) 與偽陽性 (false-positive) 判讀。若檢體未適當壓平，且高起的組織區域被削去，則真正的邊緣將永久喪失。若真正的邊緣含有腫瘤，可能導致偽陰性。若真正的邊緣無腫瘤，可能導致偽陽性。務必使用高品質的玻璃玻片，因若玻片有瑕疵，組織可能無法適當黏附。可使用帶電荷的玻片（即所謂的 plus slides）以改善組織黏附。
圖 29-16：(A) 藉由轉動 cryostat 轉輪在滾筒板 (roller plate) 上取得切片。(B) 刷子置於滾筒板上。水平切片以由下而上 (bottom-up) 的方式取得，使最初幾個切片即代表真正的手術邊緣 (true surgical margin)，同時包含皮膚邊緣與較深部的組織。(C) 接著將組織轉移至玻璃玻片上。